眼藥膏、眼藥水都是治療眼病常用的外用眼藥之一。在臨床使用方面，兩者的適應症有所不同，使用時所能起到的療效也有所差異。眼藥膏可點入眼瞼的結膜囊內，作用均勻，在晚間或睡前使用效果持久。由於眼藥膏內含油性基質，點入眼內，可以起到保護淚膜的作用，減少淚液過度蒸發。重度乾眼症或暴露性角膜炎，用眼藥膏能更好地達到保護淚膜的目的。此外，眼藥膏的油性基質還能起潤滑作用，減少眼瞼內面與角膜表面的摩擦，如有角膜或結膜潰瘍，手術後縫線頭暴露，塗入眼藥膏能緩解摩擦感。
而眼藥水雖然滲透性強，但在潤滑眼瞼、保護淚膜等方面都不如眼藥膏效果好，其有效時間也比藥膏稍弱一些。
同時，眼藥膏比同類的眼藥水吸收慢，因而可以緩解一些作用強的藥物副作用。例如，將阿托品眼藥水滴入眼內，吸收快、作用強，常用於兒童散瞳驗光，或有葡萄膜炎的患者用作散瞳。若使用不當，可很快通過結膜、淚囊、鼻淚管處吸收，引起血管擴張，面部潮紅，心率加快，口乾渴等不適。改用阿托品眼藥膏睡前點入眼內，既能達到強力散瞳孔、麻痺睫狀肌的目的，又可避免發生上述的副作用。
眼藥膏也有它的不足之處。比如，眼藥膏不宜白天使用，因為使用後，油性基質溢至眼瞼皮膚，外觀不雅。另外殘留於角膜表面，影響看東西的清晰程度。其次，急性細菌性結膜或角膜炎症不宜使用眼藥膏。因為塗眼藥膏後，會形成結膜囊密閉環境，散熱差，局部溫度高，利於細菌的生長繁殖，從而可能加重病情。
因此，老百姓在選擇眼藥膏或眼藥水時，應該要注意根據不同疾病的不同症情，這樣才能發揮藥物的最佳療效。
