由子宮解剖學異常引起的複發性流產佔複發性流產的12-15%，包括各種先天性子宮畸形、子宮粘連、子宮肌瘤或腺肌症和宮頸機能不全。大多數由這些因素引起的複發性流產都是晚期（常常發生在13周以後）或早產，流產時的胚胎組織相對新鮮。如果相關因素沒有得到糾正，流產的複發率就會很高。
1.子宮畸形。子宮異常有許多不同的類型，與流產相關的主要是縱隔子宮、雙角子宮、單角子宮和子宮發育不良。
2.宮腔粘連：指宮腔相互粘連，見於各種原因引起的子宮內膜以及肌層損傷。主要表現為月經減少，甚至閉經以及流產和不孕的症狀。
3、宮頸機能不全。這是一種先天性或後天性的宮頸內口形態結構和功能的異常，在非分娩狀態下引起宮頸的病理性擴張，是晚期複發性流產和早產的原因之一。孕婦宮頸機能不全的發生率為0.05%-0.8%，初產婦罕見，多見於月經期婦女。其原因見於：分娩時的宮頸損傷、宮頸錐切術後、宮頸發育不良。
