六味地黃丸的特點是“三補三瀉”。三補針對腎、肝、脾，主要是熟地黃、山茱萸和山藥這三味藥的功勞；三瀉也是針對腎、肝、脾，但卻是澤瀉、牡丹皮和茯苓在起作用。因此，並非純補藥，講究補瀉兼施，更適合那些滋補腎陰，尤其是腎陰虛的人。
判斷自己是不是陰虛，先看舌頭，如舌質紅、經常口乾舌燥；再看脈搏，是否脈細且跳得快；最後，是否常有潮熱、盜汗、失眠、頭暈、腰膝痠軟的症狀。如果年輕人，或有肝脾溼熱、肺熱者服用後會加重溼熱，可能導致口舌生瘡、小便發黃。即使適合吃，也應戒菸戒酒，少吃刺激性食物。另外，六味地黃丸不利於解表散邪，感冒時最好別吃。脾胃虛弱、大便稀、消化不良者也應慎服。陽虛者舌色偏淡、嫩，脈象偏沉緩、怕涼。如果是男性，還會有勃起問題。這類人更適合用金匱腎氣丸。還需要提醒，該藥不能與利福平同服。因為其中含有山萸肉，味酸，可析出大量有機酸，同用會增加藥物對腎臟的毒性。
六味地黃丸雖然是平補的藥，但不能當維生素天天吃。一般主張服用一個月後，停一週；或吃一週，期間停一兩天，讓身體適度休養。針對各類疾病，服用時間也有區別。如更年期綜合徵要用幾個月甚至半年。慢性疲勞建議先用半個月。若用於治療高血壓，可能需要長期服用。有些患者生來就是肝腎陰虛的體質，吃了幾年也沒甚麼不舒服，但要密切檢測肝腎功能。另外，長期用六味地黃丸，可能會阻礙脾胃運化。最好在飯後10―15分鐘服用，或是在醫生指導下選用一些消化類中成藥。
