（一）急性支氣管炎和肺炎 由乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒和副流感病毒引起的支氣管炎有較強烈的咳嗽，常有痙攣性咳嗽。但劇烈的咳嗽在發病後幾天內出現，痙攣性咳嗽後不出現雞鳴樣回聲，夜間不一定加重。急性期喘息和氣促等全身感染中毒症狀較重，肺部常有固定的乾溼性囉音，白細胞計數正常或偏高。經過適當的治療，症狀會在短期內減輕或消失。
（b）支氣管淋巴結結核 腫大的淋巴結壓迫支氣管，或侵蝕支氣管壁，可引起痙攣性咳嗽，無雞鳴樣回聲。可以根據結核病毒性症狀、結核菌素試驗和肺部X線變化做出診斷。
（三）氣管支氣管異物 可發生突發性陣發性痙攣性咳嗽，有異物吸入史，白細胞不增加，X線可見節段性肺不張，經支氣管鏡檢查可發現異物。
（四）百日咳綜合徵 在廣泛進行百日咳免疫的人群中，可發生 "百日咳 "的擴散性病例。腺病毒、其他呼吸道病毒、肺炎支原體和副百日咳分枝桿菌常被分離出來，但不包括百日咳桿菌。其臨床症狀、肺部X線檢查和血象與典型的百日咳相似，需要通過病原學檢查加以區別。據估計，大約20%的病例是由上述病原體引起的。衣原體感染可能有類似百日咳的咳嗽，但沒有雞冠狀的回聲。由副百日咳桿菌引起的，症狀輕微，病程短。
以上介紹了百日咳疾病的鑑別方法。最重要的是迅速進行治療，儘快控制咳嗽，否則病人會很不舒服。
