對於原發性免疫缺陷病患兒的疫苗接種，我們需要注意這些問題。
1.B細胞缺陷
B細胞缺陷包括先天性無形體病和普通變異性免疫缺陷等疾病。患有這些疾病的兒童不能服用脊髓灰質炎減毒活疫苗，或糖丸。因為抗體在抗擊脊髓灰質炎病毒感染方面起著重要作用，抗體產生有缺陷的兒童在服用活疫苗後會在腸道內繁殖病毒，然後通過血液進入中樞神經系統，導致脊髓灰質炎。此外，患兒應避免與剛接種過脊髓灰質炎活疫苗的人接觸，因為剛接種過脊髓灰質炎活疫苗的人的腸道可以排除病毒，如果衛生注意不當，可能造成病毒的間接感染。還需要注意的是，由於患有這些疾病的兒童不能控制病毒在腸道中的繁殖，他們可能成為潛在的病毒傳播源，理論上可能導致脊髓灰質炎病毒在人群中的傳播。患有B細胞缺陷的兒童可以接受其他類型的疫苗接種。
2.T細胞缺陷
T細胞缺陷包括簡單的T細胞缺陷和聯合免疫缺陷，如Digeorge綜合徵、T細胞受體缺陷、MHC II類分子缺陷、嚴重聯合免疫缺陷、腺苷脫氨酶缺陷、嘌呤核苷酸磷酸酶缺陷和ZAP-70缺陷。由於T細胞是對抗病毒感染和細胞內細菌感染的主要免疫細胞，如果沒有適當的疫苗接種，它們會引起致命的感染。因此，有T細胞缺陷的兒童嚴禁接種卡介苗、脊髓灰質炎病毒、麻疹-腮腺炎-風疹病毒和水痘病毒疫苗等減毒活疫苗，而只應接種滅活疫苗。
3.吞噬細胞缺陷
吞噬細胞構成宿主抵抗細菌和黴菌感染的第一道防線，吞噬細胞缺陷主要包括慢性肉芽腫病和白細胞粘附分子缺陷。患有這些疾病的兒童嚴格禁忌接種卡介苗。
4.其他原發性免疫缺陷
干擾素-γ和IL-12是宿主抵抗細胞內細菌感染的主要效應細胞因子，因此，干擾素-γ受體缺陷、IL-12和IL-12受體缺陷的兒童嚴禁接種卡介苗，否則會導致卡介苗誘發播散性感染。
5.免疫功能低下的其他原因
有艾滋病症狀的兒童通常不應接種活病毒或細菌疫苗；通常建議接種滅活疫苗。然而，在沒有嚴重的免疫抑制症狀的情況下，可以接種麻疹-腮腺炎-風疹疫苗。對HIV感染血清檢測呈陽性但無臨床症狀的兒童應按計劃免疫接種，但用滅活的脊髓灰質炎病毒疫苗代替減活的脊髓灰質炎疫苗。
接受長期免疫抑制藥物（如糖皮質激素、抗腫瘤藥物等）治療的兒童可能對疫苗接種產生異常反應，因此接受短期免疫抑制治療的兒童可以推遲接種，直到停止治療；接受長期免疫抑制治療的兒童不能接種活疫苗，但可以接種滅活疫苗。
此外，免疫功能低下也可能導致疫苗接種失敗，如患有免疫缺陷溼疹性血小板減少症的兒童不產生或只產生少量的多糖疫苗（如Pak-Pak疫苗、B型流感嗜血桿菌疫苗）的特異性抗體。總之，如果父母懷疑他們的孩子免疫力低下，他們應該向免疫學家諮詢，並對疫苗接種持謹慎態度。
