1.遺傳因素
（1）胚胎/胎兒染色體異常是導致胎兒流產的最常見原因。
在60%以上的流產或停育的胚胎中可以檢測到各種類型的染色體異常，特別是在80%以上的孕囊形態異常的停育/流產胚胎中；即使在孕囊形態正常的流產/停育胚胎中，也有約25%的流產/停育胚胎髮現染色體異常。研究發現，流產/停產的時間越早，染色體異常的比率越高。
（2）配偶一方（父母一代）的染色體易位或倒置導致胎兒的染色體異常，這反過來又阻止了發育。
有胎兒停育史的夫婦通常有平衡染色體易位、玫瑰色易位和倒位。
父母染色體易位對遺傳生殖有嚴重的不利影響：如果配偶一方是染色體易位的攜帶者，後代有1/18的機會是染色體正常，1/18是染色體易位的攜帶者，剩下的16/18是不平衡的異常，常常導致出生缺陷或死亡。
父母染色體羅氏易位的遺傳諮詢。如果配偶一方是染色體羅氏易位的攜帶者，其後代有1/6的正常染色體，1/6的染色體羅氏易位攜帶者，其餘4/6為不平衡的異常，表現為發育缺陷或死亡。
父母染色體倒置攜帶者：他們的後代有1/4的正常染色體，1/4的染色體倒置攜帶者，還有2/4的不平衡異常。
（3）基因突變與胎兒流產
有些基因在流產過程中起到促進流產發生的作用，稱為流產易感基因；有些基因能防止流產的發生，對維持妊娠起到保護作用。此外，胎兒純合基因的突變或複合雜合基因的突變可導致胎兒發育異常甚至死亡。
2.母體因素
（1）母體慢性疾病、生殖道感染和營養不良可導致流產。
尤其是TORCH感染、弓形蟲感染、風疹病毒感染、鉅細胞病毒感染、單純皰疹病毒感染、支原體和衣原體感染，可通過垂直感染導致胎兒發育異常。
（2）生殖器官的解剖異常：如子宮畸形、宮腔粘連、子宮肌瘤、子宮息肉、子宮腺肌症、宮頸機能不全。
（3）凝血功能異常：微血栓症。
（4）內分泌因素：黃體功能異常、胎盤功能異常、多囊卵巢綜合徵、高泌乳素血癥、甲狀腺疾病、糖尿病。
3、父方因素
男方患有全身性慢性疾病，感染病原微生物，精液異常，不良生活習慣，接觸職業因素，產生抗精子抗體。
4.免疫學因素
引起胎兒流產的免疫學因素包括ABO/RH母子血型不相容、母體排斥反應、
阻斷抗體缺乏、抗磷脂抗體綜合徵、細胞毒作用和補體系統活性增強。
5.心理因素
孕婦或育齡婦女因焦慮、抑鬱、自卑、內疚、自閉、悲觀、失眠等不良情緒，導致身體機能低下，最好引起免疫功能紊亂，最後導致胎兒發育異常。
