(1)疾病的病因不同 珍珠狀陰莖丘疹病和女性假性溼疣是一種良性皮膚髮育不全的狀態，生理性變異，在正常人群中有10%的人有此病。據調查，在處女和沒有過性接觸的男性中，本病的患病率也很高。本病不是由性接觸而感染的，不屬於性傳播疾病範圍。尖銳溼疣，是由於人乳頭瘤病毒感染引起的慢性增生性疾病，可通過性接觸而感染的，是性傳播疾病中的一種。
(2)臨床表現不同 男性珍珠狀陰莖丘疹病的特點，是在沿冠狀溝龜頭緣處分佈的小米粒大小的丘疹。女性假性溼疣是在小陰唇內側呈對稱性的、條索形的指狀丘疹，分佈稠密，也可呈魚子狀。本病可無任何不適感，不需治療，無傳染性。尖銳溼疣是在男女的外生殖器處散在的，呈菜花狀皮膚疣狀物，分佈無規律性，無明顯瘙癢感，有異味。 陰道內生長的尖銳溼疣可自行出血，有自身傳染性，未經治療本病可繼續發展，其數目越來越多，疣體逐漸增大堵塞陰道口。
