東南亞的禽流感大流行已被證實是由禽類引起的，但值得慶幸的是尚未在人群中傳播。禽流感病毒是直腸病毒屬的一個成員，即流感病毒。流感病毒通過特異性非交叉反應的核糖核蛋白抗原被區分為三種不同的抗原類型，即A、B和C，其中兩種類型，即B和C，只能夠檢測流感病毒。B和C型只對人類有致病性，而A型對人類、豬、馬和鳥類都有致病性。禽流感病毒具有A型抗原，被歸類為A型流感病毒。甲型流感病毒的抗原性不斷髮生變異（antigenicshift和antigenicdrift），這種變異是由HA和NA引起的，尤其是HA的變異最為常見。
此外，來自不同宿主的病毒容易發生基因替換，再加上被感染動物的複雜性，使得疾病更加難以控制，這也是百年來禽流感疫情仍無良好治療和控制措施的主要原因。原本只感染動物的病毒現在傳播到了人身上，很可能是因為其病毒發生了變異和親和力，並與人類病毒重新結合。
