小兒皰疹性咽峽炎，根據急性 發熱 起病，口腔有丘疹水皰性損害及培養出 柯薩 奇或埃可病毒即可診斷。它與一些口腔有水皰的病毒性疾病鑑別。小兒皰疹性咽峽炎的鑑別診斷包括皰疹性口腔炎(特點為任何一直季節均可發病，呈現更大的持續更久的潰瘍)。復發多啦性口瘡和Bednar口瘡(很少發生於咽部，一般無全身症狀)柯薩奇A組型病毒也會引起類似病變(淋巴結性 咽炎 )。但口咽部損害突出，呈現白色到黃色小結。
小兒皰疹性咽峽炎的檢查：臨床表現為不同程度的發熱，咽痛，重者影響吞嚥功能，但不影響發聲。患兒可伴 噁心 、 嘔吐 與 咳嗽 等症狀。查體可見咽部 出血 ，有數個灰白色的小皰疹，直徑約為1~2cm，周圍有紅暈。皰疹多分散存在，主要分佈於咽顎弓邊緣。皰疹可破潰，破潰後形成黃色潰瘍。根據查體所見，診斷小兒皰疹性咽炎並不十分困難，難在皰疹未顯現之前易被誤診為普通 感冒 或咽炎，對此要提高警惕，加強觀察。可根據症狀和特徵性口腔損害作明確出診斷。最好通過從損害處分離到病毒或通過特徵性抗體滴度升高加以證實。但這些監督檢查並不推薦常規採用。
