臨床診斷主要依靠流行病學資料、臨床表現和實驗室檢查的綜合分析，確診有賴於血清學和病源學檢查。
(一)流行病學資料 本病多見於7～9三個月內，南方稍早、北方稍遲。10歲以下兒童發病率最高。
(二)主要症狀和體徵 起病急、有高熱、頭痛、嘔吐、嗜睡等表現。重症患者有昏迷、抽搐、吞嚥困難、嗆咳和呼吸衰竭等症狀。體徵有腦膜刺激徵、淺反射消失、深反射亢進、強直性癱瘓和陽性病反射等。
(三)實驗室檢查
1.血象 白細胞總數常在1萬～2萬/mm3，中性粒細胞在80%以上;在流行後其的少數輕型患者中，血象可在正常範圍內。
2.腦脊液 呈無色透明，壓力僅輕度增高，白細胞計數增加，在50～500/mm3，個別可高達1000/mm3以上。病初2～3天以中性粒細胞為主，以後則單核細胞增多。糖正常或偏高，蛋白質常輕度增高，氯化物正常。病初1～3天內，腦脊液檢查在少數病例可呈陰性。
3.病毒分離 病程1周內死亡病例腦組織中可分離到乙腦病毒，也可用免疫熒光(ift)在腦組織中找到病毒抗原。從腦脊液或血清中不易分離到病毒。
4.血清學檢查
⑴補體結合試驗：陽性出現較晚，一般只用於回顧性診斷和當年隱性感染者的調查。
⑵中和試驗：特異性較高，但方法複雜，抗體可持續10多年，僅用於流行病學調查。
⑶血凝抑制試驗：抗體產生早，敏感性高、持續久，但特異性較差，有時出現假陽性。可用於診斷和流行病學調查。
⑷特異性igm抗體測定：特異性igm抗體在感染後4天即可出現，2～3周內達高峰，血或腦脊液中特異性igm抗體在3周內陽性率達70%～90%，可作早期診斷，與血凝抑制試驗同時測定，符合率可達95%。
⑸特異性igm抗體測定：恢復期抗體滴度比急性期有4倍以上升高者有診斷價值。
⑹單克隆抗體反向血凝抑制試驗：應用乙腦單克隆抗體致敏羊血球的反向被動血凝抑制試驗，陽性率為83%，方法簡便、快速，已有試劑盒商品供應，無需特殊設備。
5.te-99mhmpao(hexamythyl propyleneamine cxime)腦部單中子發射ct(specr)檢查 有人應用te-99m
