(1)年齡：患者的年齡很重要，對於青春期前的兒童或是絕經後的婦女，卵巢上存在一個囊腫多數是異常的，如果是實性或囊實性，腫瘤的可能性就很大，需要手術來處理。但對於近青春期或剛絕經的婦女，小的囊腫也可能是發育的卵泡。
(2)囊腫性質：B超對於診斷很有幫助。對於超聲提示囊腫為無回聲且沒有分隔的直徑小於5cm囊腫，可以先觀察3個月，3個月後重復超聲檢查;直徑大於5cm，可觀察一段時間，如持續存在或腹痛懷疑扭轉，建議手術。對於囊內點狀回聲且伴有痛經患者，多考慮為子宮內膜異位囊腫(巧克力囊腫)，可根據大小和有無生育要求等決定觀察、手術或藥物治療。對於囊實性、實性或合併腹水、CA125升高患者則要小心卵巢惡性腫瘤可能，建議儘早手術。
懷疑生理性囊腫，可觀察1-3月，也可以用避孕藥抑制後觀察囊腫是否消失，一般不需治療。
病理性囊腫多建議手術治療，良性疾病多選用腹腔鏡手術，創傷較小，恢復快。
絕經後卵巢囊腫持續存在多建議手術治療。
