1.種植學說經血逆流，內膜種植。月經期，經血從宮口、陰道排出人體外是順流而下，但是有小部分經血或因其他原因夾雜著脫落的子宮內膜碎片，由輸卵管道流進入腹腔，種植在盆腔臟器的表層形成子宮內膜異位病灶。
2.化生內膜漿膜上皮，化生內膜。人體在胚胎髮育時期，卵巢表面上皮、腹膜、陰道直腸膈、臍部均由體腔上皮化生而來，這些組織在性腺激素、炎症、機械因素的刺激下能夠轉化，形成另一種組織，同樣可以化生為子宮內膜。
3.良性轉移血液淋巴，良性轉移。這是一種較為罕見的發病原因。出現在肺部、腦膜、心包、四肢及其他遠端的子宮內膜異位症，是通過血液循環或淋巴系統將子宮內膜碎屑轉移停留在某臟器或組織上而發病。
4.醫源性的內膜移植這是一種人為造成的使子宮內膜移植到某些部位，多見於剖宮產術，早期中期妊娠行刮宮術，分娩時行會陰側切術，人工流產術等過程中。
5.免疫防禦功能缺陷隨經血逆流至腹腔的子宮內膜，如同一種異物，會激活身體內的免疫系統，動員出大量的免疫細胞及體液圍殲消除，假如體內免疫功能缺陷，就會發展成為子宮內膜異位症。
6.內分泌功能失調異位的子宮內膜，無論來源如何，其生長變化均與卵巢內分泌有關，雌激素能促進生長，孕激素能使其抑制，臨床發現大多數患者，孕激素缺乏，因此助長了本病的發生發展。
7.遺傳與體質的因素臨床觀察發現，有家族病史的人患此病居多。體質因素中如肥胖、超重、身長過高等亦有一定關係。
