口腔潰瘍可由全身或局部因素引起，各種潰瘍雖有上皮內或上皮下，淺層或深層，急性或慢性，良性與惡性之分，但都有凹陷性;外形規則，呈圓或橢圓形;邊界分明，與周圍正常粘膜“經緯分明”。
而口腔糜爛，臨床表現為與正常粘膜表面齊平的充血和糜爛，並無凹陷，上覆滲出性假膜，形狀多樣，並不規則，與周圍正常粘膜間界限不清。其次，兩者的病程和預後不一樣。潰瘍一般病程較短，一旦癒合，就“乾脆利落”，淺在的和良性的潰瘍癒合後都無瘢痕，但深及肌層的潰瘍和惡性口腔潰瘍例外。
糜爛一般病程較長，反覆遷延，而且癒合過程“拖泥帶水”，但糜爛一般不留瘢痕。最後兩者在顯微鏡下的表現不一樣。
潰瘍表現為上皮連續性有中斷，糜爛比較淺表而無上皮連續性的中斷。
當潰瘍和糜爛不太典型時，鑑別就會有難度，但只要細心觀察，一般來說還是可以區別的。
值得提出的是，這兩種病損是可以相互轉化或兩者同時存在。
