當激素治療無效的時候，為了治病你可能必須進行手術。
如果你同時有子宮肌瘤、子宮腺肌症或者子宮內膜異位症比較廣泛，那麼子宮內膜異位症的手術可能非常複雜，可能需要修補直腸和膀胱。
腹腔鏡手術
腹腔鏡手術就是用叫做腹腔鏡的手術器械進行的手術。目的是：
1、診斷子宮內膜異位症；
2、去除子宮內膜異位症病灶；
3、分解子宮內膜異位症引起的粘連。
腹腔鏡是長約30cm，類似望遠鏡的纖細的手術器械。通過臍部的小切口插入盆腔。它有一個光源和鏡頭，照亮盆腔並有放大顯示的作用，以便婦科醫生能夠看清楚盆腔器官和子宮內膜異位症病灶。一般會有第二個通道置入手術器械，觀察當中發現如果需要進行手術，那麼婦科醫生通過這個管道進入的器械進行手術操作。
腹腔鏡手術和開腹手術不能混淆。開腹手術是腹部有10-15cm切口的手術（而腹腔鏡手術只有2-4個1cm的小切口）。目前開腹手術只用來治療腹腔鏡手術不能完成的、非常嚴重的子宮內膜異位症。
診斷性的腹腔鏡――僅僅用於診斷子宮內膜異位症。腹腔鏡是診斷子宮內膜異位症的金標準（最可信的方法）。如果腹腔鏡沒有看到子宮內膜異位症病灶，那麼就不應該考慮子宮內膜異位症的診斷。大多數婦科醫生也堅持認為應該進行病理檢查進行確診。
一般腹腔鏡下看到輕-到中度的子宮內膜異位症病灶，應該同時完成腹腔鏡下的手術。手術性腹腔鏡是指在腹腔鏡下切除子宮內膜異位症病灶，切除粘連。這就意味著，只需要一次手術，診斷和治療同時完成。為此，手術前，你一定要充分了解並同意。
如果發現子宮內膜異位症很嚴重，侵蝕了腸管或泌尿系統，那麼腹腔鏡下的手術可能要推遲，因為，因為要進行充分的腸道和泌尿道的準備，並且獲得患者的同意進行腸道和泌尿系統的手術。
子宮內膜異位症的手術是非常困難和複雜的，因此手術的醫生需要特殊的技巧和專門的知識。許多婦產科醫生能夠治療輕度的子宮內膜異位症。然而嚴重的子宮內膜異位症需要經驗豐富的專家醫生。只有很少的婦產科專家能夠治療嚴重的子宮內膜異位症。
手術過程
子宮內膜異位症手術就是通過切除肉眼可見的子宮內膜異位症病灶和子宮內膜異位症引起的粘連.腹腔鏡手術方法可能包括：
1、切除或破壞腹膜子宮內膜異位症病灶;
2、切除或破壞卵巢巧克力囊腫;
3、切除粘連；
4、切除子宮直腸隔的深部病灶；
5、切除子宮；
6、切除一側或雙側卵巢；
7、腸管和膀胱的手術；
8、腹腔鏡下子宮神經切除術（LUNA）和骶前神經切除術（PSN）。
手術技術
子宮內膜異位症手術需要兩種技術：切除和凝固。
切除：用剪刀、電刀、激光束切除子宮內膜異位症病灶極其周圍組織來去掉子宮內膜異位症病灶。這個技術不損壞病灶內異位的內膜，以便給病理科醫生進行病理檢查，確定是子宮內膜異位症而不是癌或其它情況。切除允許手術醫生把子宮內膜異位症病灶和周圍的正常組織進行分離，以確保子宮內膜異位症病灶被完整去除而沒有殘留病灶。
凝固破壞：
凝固破壞是通過電刀或者激光束燒灼或者汽化病灶。凝固的時候，必須仔細的將全部病灶破壞，防止病灶再生長。同時也必須注意要只破壞子宮內膜異位症病灶而不是下面的正常組織進而損傷腸管和膀胱。因為會損傷下面的正常組織，所以醫生會非常討厭在重要器官上（腸管和膀胱）上進行凝固操作。
卵巢子宮內膜異位症
卵巢子宮內膜異位症的治療根據病損類型和大小不同而不同。卵巢囊腫稱為“內膜異位囊腫”或者“巧克力囊腫”
卵巢表面種植
卵巢表面的異位內膜種植，可以凝固或者汽化進行破壞。
小的卵巢囊腫
直徑小於3cm的卵巢囊腫可以進行穿刺引流，囊腫內壁進行檢查後進行凝固或者汽化。
大的卵巢囊腫
直徑大於3cm的囊腫可以切除、凝固或者汽化。
切除大的卵巢囊腫就是把完整的囊腫從卵巢上切下來，為了確保囊腫的完整，囊腫周圍的卵巢組織也被切除一部分。
當引流和凝固大的囊腫，先切開囊腫引流囊液。然後凝固囊腫內壁來破壞它。
選擇那種方法？
推薦的是，超過3cm的囊腫要切除，而不是凝固和汽化。完全切除結果是更好的緩解疼痛促進生育，復發的風險更低。
粘連
子宮內膜異位症引起的粘連應該切除，可以用剪刀、電刀、激光等等。當切除粘連的時候，就存在新的切緣再粘連的可能。但是有很多預防措施。一些女性發生粘連和再粘連的可能性比另外一些女性風險要高。再次手術切除粘連也是麻煩的也不建議這樣做。
深部子宮直腸隔和乙狀結腸直腸的子宮內膜異位症
如果深部浸潤型子宮內膜異位症引起症狀或將來可能會引起症狀，那麼手術治療是唯一的考慮。如果你患有陰道直腸隔深部浸潤型子宮內膜異位症而沒有症狀，那說明是單發的，病灶較小，這樣的病灶極少惡化或引發症狀。如果病灶侵犯直腸和輸尿管，因為會引起梗阻，那麼這個病灶應該切除。
如果必須手術，那麼應該一次手術切除所以的病灶，避免第二次手術。這樣的手術是複雜的，困難的，也可能出現比較嚴重 的併發症，你有必要和你的醫生深入討論手術的過程，以便你能夠做好準備並接受手術。
深部浸潤型子宮內膜異位症的手術，可能包括的沿著深部病灶進行韌帶的切除和陰道後壁的切除。子宮和卵巢也許需要也許不需要切除。如果病灶侵蝕了直腸、膀胱或輸尿管，引起或即將引起損害，那麼可能進行部分腸管、輸尿管、膀胱的切除和修補。
如果手術可能涉及到腸管或者泌尿系統，那麼醫生應該事先和你進行討論和提前進行計劃和準備。為了手術，你需要接受術前的腸道或泌尿系統的準備和治療。這個手術需要婦產科醫生和泌尿科醫生、腸道科醫生的密切配合。
子宮和卵巢的切除
如果其他任何辦法都無效，而你又沒有生育要求，才需要考慮切除子宮和卵巢。
如果子宮切除，那麼應該把所有的子宮內膜異位症病灶同時切除。
全子宮+雙側卵巢的切除比單純切除子宮而保留雙側卵巢更能緩解術後的疼痛，再次手術的風險也更低。
如果切除子宮，那麼要同時切除宮頸，保留宮頸會因為宮頸和骶韌帶的子宮內膜異位症引起持續的疼痛。
切除子宮和部分降結腸對治療子宮直腸隔的子宮內膜異位症是有效的，能緩解疼痛，提高生活質量。
腹腔鏡子宮神經切除術和腹腔鏡下骶前神經切斷術
腹腔鏡下子宮神經切除書（LUNA）和腹腔鏡骶前神經切斷術（LPSN）是在腹腔鏡下切斷子宮到大腦的神經，以緩解慢性疼痛。
對兩種手術進行回顧性的研究表明，對緩解慢性疼痛效果有限。子宮神經切除術，與腹腔鏡手術結合也沒有額外緩解疼痛，而骶前神經切除術比單純腹腔鏡手術能更緩解疼痛。做了腹腔鏡手術和骶前神經手術的女性可能會出現便秘的併發症。如果你的醫生傾向於做這兩種手術，那麼你要問他如果這樣做手術的成功率是多少。
手術
根據需要切除病灶的大小和多少不同，腹腔鏡手術可能需要半個小時，也可能需要6個小時。
醫院的程序和做法也各不相同。以下的信息僅僅是個腹腔鏡手術的指南，你可以諮詢你的醫生或者醫院，他們是不是有患者指南手冊，向患者解釋醫院的診療程序和做法。
術前6小時不能吃飯和喝水。只要有任何進行腸道手術可能性，術前必須進行腸道準備以保證手術的安全進行。這包括喝一些東西來清潔腸道。
要求你術前提前住院，瞭解你的一般健康狀態，曾經吃的藥物和曾經做過的手術，測量血壓和脈搏，剔除陰毛，給你一套病員服。麻醉師也要和你討論以前手術是否有藥物過敏或者其他的問題。
進入手術室，給你進行全麻和氣管插管，用呼吸機維持呼吸。
臍部做個5mm的切口，二氧化碳經過這個切口進入腹腔。二氧化碳可以使盆腹腔內的器官互相分離，以便腹腔鏡能夠安全地進入盆腔。然後腹腔鏡經過這個切口進入盆腔。婦科醫生還要在下腹部做另一個小切口，放置另一個手術器械，用它來移動盆腔內的器官，以便醫生能全面檢查整個盆腔。再放一個器械進入開放的盆腔，根據手術的需要使子宮前後移動。然後婦科醫生徹底的檢查盆腔發現那些明顯的或者不明顯的子宮內膜異位症特徵。通過插入較低的切口和宮頸的器械，提升或者擺動子宮和卵巢，以便全面檢查他們的表面。
如果發現內膜異位病灶，婦科醫生通常會取些子宮內膜組織樣本，然後送到病理科進行檢查確定是子宮內膜異位症。因為子宮內膜異位症通常會和其它疾病混淆。
一旦確診，婦科醫生會填一張圖表，表明病灶、巧囊、粘連的位置。rAFS評分表是常用的評分方法。
如果要做腹腔鏡手術，那麼醫生要在下腹部做2-3個小切口，這些切口用來插入手術所需要的器械。
手術完成後，取出腹腔鏡和手術器械，放出二氧化碳氣體。切口用膠水粘合或者細針縫合。你也會被送回恢復室。
術中和術後的風險和併發症
腹腔鏡是相當安全的手術，大多數的併發症很輕，恢復的也相當快。
比較嚴重的併發症包括：不能控制的出血、器官損傷例如腸管、膀胱和大血管、氣體栓賽（氣體進入血管和肺部）。經驗豐富的醫生能夠控制這些併發症。
術後也可能發生併發症，包括：膀胱排空障礙、傷口感染、尿路感染、子宮感染、陰道分泌物增多等。
效果
很難提供關於腹腔鏡手術治療子宮內膜異位症療效的可靠信息。一方面不可能精心設計臨床試驗來評估手術效果，另一方面手術效果受到患者個體差異、激動程度、子宮內膜異位症嚴重程度、侵犯的廣度、醫生的經驗等等的影響。多因素的影響使我們難以得出關於手術效果的評估。雖然如此，外科醫生的經驗和外科醫生是決定腹腔鏡手術治療子宮內膜異位癥結果的關鍵因素。因此，如果有可能，你要找有經驗的醫生或者治療子宮內膜異位症的中心去手術和康復。
一些關鍵性臨床實驗的結果的概述：
輕中度的子宮內膜異位症患者，手術治療的效果優於期待治療。治療的隨訪，90％在一年以後疼痛仍然能夠緩解。
在緩解疼痛和提高生活質量方面，切除比安慰治療效果更好。
對於激素治療無效的嚴重患者中，手術治療的疼痛緩解率高達80％。
子宮直腸隔和乙狀結腸的深部浸潤型子宮內膜異位症的手術併發症發生率和其他腹腔鏡手術發生率相似。
似乎是年輕女性術後容易復發：越是年輕越是容易復發。
術後隨訪
如果腹腔鏡手術後發現下面任何症狀，都應該立即通知醫生：
發熱；
傷口紅腫、疼痛、滲出；
嚴重的腹痛或腸痙攣；
陰道分泌物有異味；
術後24小時後出現嘔吐；
小腿的腫脹和觸痛，走路時小腿疼痛加重；
呼吸短促、胸痛或者呼吸痛；
腹腔鏡手術後4-6周進行隨訪，討論手術恢復情況、術中發現以及後續的治療。
