引起口腔潰瘍的原因有多種，並不只是因為上火。
口腔潰瘍中最常見的類型是外傷性潰瘍，多是因為口腔被牙齒咬傷後發展成潰瘍，這可能是因為牙齒排列不整齊導致的，這類潰瘍，只要去除引起外傷的原因，傷口一般在一個星期內會癒合。
除了外傷，還可能是消化系統出現疾病，主要是通過影響免疫系統而致病。容易引起口腔潰瘍的消化系統疾病是胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、侷限性腸炎、肝炎等。研究表明30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
如果身體缺乏某種營養素，同樣會誘發口腔潰瘍，像微量元素鋅、鐵，缺乏葉酸、維生素B12，或者患者本身有營養不良，免疫力低下，就會提高患上和復發口腔潰瘍的幾率。
細菌感染也是誘發口腔潰瘍的原因，常見的是鏈球菌和其他病毒，經常讓口腔潰瘍經常復發。
如果父母雙方都患有複發性的口腔潰瘍，則子女有很大的幾率同樣患病，幾率高達80%-90%，如果雙親中一方經常有口腔潰瘍，則子女染病的幾率約50%-60%。
