(一)局部治療
主要目的是消炎、止痛，促進潰瘍癒合。治療方法較多，根據病情選用：
1.含漱劑 0.25%金黴素溶液，1：5000氯已定洗必泰溶液，1：5000高錳酸鉀溶液，1：5000呋喃西林溶液等。
2.含片 杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3.散劑 冰硼散，錫類散，青黛散，養陰生肌散等是中醫治療口腔潰瘍的主要藥。此外，複方倍他米松撒佈亦有消炎、止痛、促進潰瘍癒合作用。
4.藥膜 其基質中含有抗生素及可的松等藥物。貼於潰瘍上，有減輕疼痛，保護潰瘍面，促進癒合的作用。
5.止痛劑 有0.5%～1%普魯卡因液，0.5%～1%達克羅寧液，0.5%～1%地卡因液，用時塗於潰瘍面上，連續2次，用於進食前暫時止痛。
6.燒灼法 適用於潰瘍數目少、面積小且間歇期長者。方法是先用2%地卡因表面麻醉後，隔溼，擦乾潰瘍面，用一面積小於潰瘍面的小棉球蘸上10%硝酸銀液或50%三氮醋酸酊或碘酚液，放於潰瘍面上，至表面發白為度。這些藥物可使潰瘍面上蛋白質沉澱而形成薄膜保護潰瘍面，促進癒合。
7.局部封閉 適用於重型複發性阿弗他潰瘍。以2.5%醋酸潑尼龍混懸液0.5～1ml加入1%普魯卡因液1ml注射於潰瘍下部組織內，每週1～2次，共用2～4次。有加速潰瘍癒合作用。
8.激光治療 用氦氖激光照射，可使黏膜再生過程活躍，炎症反應下降，促進癒合。
(二)全身治療
1.免疫抑制劑
若能經檢查確定為自身免疫性疾病，採用免疫抑制劑則有明顯療效。常用藥物為潑尼松(強的松)。為防止感染擴散，應加用抗生素。對嚴重貝赫切特綜合徵，給予氫化可的松或地塞米松和四環素，對有胃潰瘍、糖尿病、活動期肺結核的患者應禁用或慎用。
2.免疫調節劑和增強劑
(1)左旋咪唑用於需增強細胞免疫作用者。
(2)丙種球蛋白適用於體液免疫功能減退者。不宜長期使用。
(3)轉移因子適用於細胞免疫功能降低或缺陷者。
(4)維生素維生素類藥物可維持正常的代謝功能，促進病損癒合。在潰瘍發作時給予維生素C0.1～0.2g，一日3次，複合維生素B每次1片，一日3次。
(5)女性激素女性發病與月經週期有關者可慎用雌激素，已烯雌酚。
(6)微量元素血清鋅含量降低者補鋅後病情有好轉，可用1%硫酸鋅糖漿或硫酸鋅片。
