1、細菌感染：常見病原菌包括痢疾桿菌、大腸埃希桿菌、沙門菌屬、小腸彎曲菌、小腸結腸耶爾森菌、腸道金黃色葡萄球菌、產氣莢膜桿菌、魏氏梭狀芽孢桿菌、難辨梭狀芽孢桿菌、霍亂弧菌等。
2、原蟲與寄生蟲感染：包括阿米巴、血吸蟲、滴蟲、梨形鞭毛蟲等。
3、病毒感染：多見於腸道輪狀病毒感染、腸道腺病毒感毒感毒感染。
4、真菌感染：可導致腹瀉的真菌有很多，如過期食物中的黴菌等。
5、食物中毒：常見致病菌包括金黃色葡萄球菌、沙門菌、嗜鹽桿菌、蠟樣芽胞桿菌、產氣夾膜梭狀芽胞桿菌或肉毒桿菌;毒蕈、河豚魚、較大的魚膽及毒鼠藥、農藥等其他有毒化學性毒物。
6、變態反應：如食物過敏(牛奶、魚、蝦、海鮮產品等)可引起腹痛、腹瀉;過敏性紫癜等疾病可伴有腸蠕動增快而發生腹瀉。
7、藥物：多種藥物可導致腹瀉，如紅黴素、氫氧化化化鎂、新黴素、林可黴素、硫酸鎂、山梨醇、甘露醇、5-氟脲密啶、利舍平(利血平)、普萘洛爾(心得安)等，這些藥物導致腹瀉的機制不盡相同;某些化學物質如磷、砷、汞及酒精中毒等均可導致急性腹瀉。
