避孕藥的副作用，可能會導致內分泌紊亂、月經不調、閉經、不孕、或者腸胃不適、頭痛、體重增加、神經緊張、情緒低潮、皮膚色斑和粉刺等。避孕藥在一年內不能超過三次，每個月之間只能用一次。
任何緊急避孕藥含有大量的激素，是在常規避孕失敗的情況下不得已採用的措施。易導致內分泌紊亂，有可能會擾亂月經週期甚至閉經。建議一年的服用次數不超過三次。而且吃了緊急避孕藥要半年以後才可以備孕的。
緊急避孕藥內含有的雌激素水平很高，一次緊急避孕的藥量相當於8天常規短效口服避孕藥的藥量，服用量過大，會產生腸胃不適，月經週期紊亂，卵巢抑制等現象，破壞了正常的月經，造成內分泌紊亂。如果長時間服用，嚴重者還會造成閉經，這樣會影響排卵從而影響懷孕。一般一年最多吃3顆。可採取如：避孕套、上環等安全有效措施進行避孕。
服用緊急避孕藥，每月最好只能1次，一年內也不要超過3—4次，而且應嚴格遵循它的適應症。下一次性行為時一定要採取常規的避孕措施。同時要注意，即使是正確使用緊急避孕藥，也有避孕失敗的可能。因此服用緊急避孕藥後，下次月經推遲一週仍未來潮，應去醫院檢查，以排除妊娠。
