陰道，也就是未來胎兒娩出的產道，在孕期也是比較脆弱的。由於激素水平的變化，孕婦的身體各方面包括陰道環境本身都會發生改變。尤其是之前有炎症史的準媽媽，妊娠同時有可能會合並有生殖道的感染，比如說衣原體、支原體BV陽性，黴菌性陰道炎等等。
一般來說，孕早期的3個月不需治療，但如果發展嚴重，醫生會在孕3個月後酌情用藥治療，不會對胎兒造成感染。在分娩之前，通常都能治好。
但陰道中的病菌可經宮頸上行感染，穿透胎膜感染胎兒，引起流產、胎膜早破、早產宮內感染等。另外，當胎兒經母親陰道分娩時，也可能被念珠菌感染，多引起嬰兒的口腔念珠菌病(鵝口瘡)，有些嬰兒還可能在肛門周圍出現念珠菌皮炎。
