1.在機體沒有產生祖國的保護行抗體前不幸感染了乙肝病毒。注射乙肝疫苗後需要一定的時間才能產生足夠量的保護性抗體。一般情況下，在接種乙肝疫苗後感染的乙肝，多半是因為完成全程注射長達半年的時間裡，機體尚未產生抗體或產生抗體的水平較低，這時不幸感染了乙肝病毒;還有的人是未能按時完成全程免疫，即接種完三針，沒有產生保護性抗體而感染乙肝病毒。也有少數人雖然完成了全程免疫，但由於免疫失敗，也可感染乙肝病毒，但這種情況比較少見。
2.接種前已經被乙肝病毒感染。有的人由於在接種乙肝疫苗前沒有進行乙肝病毒學檢測，可能在接種前已經被乙肝病毒感染，當接種完乙肝疫苗後，發現hbsag陽性，誤以為是由於接種疫苗導致的;還有的人注視前雖然進行了乙肝病毒學檢查，並且結果正常，但這也不能完全排除接種前已經感染了乙肝病毒的可能。因為如果檢查時正好處於病毒感染的潛伏期，大約半年左右，則檢查結果也可能出現“陰性”。
