最常檢查的是T3、T4、FT3、TF4和TSH。T3、T4都是甲狀腺分泌的甲狀腺素，它們能和血清裡的蛋白結合，但是要發揮作用的時候，就必須和血液裡的蛋白分開來，所以測定遊離的甲狀腺素FT3、FT4更能反映甲狀腺的功能。TSH是大腦垂體分泌的促甲狀腺激素，它就像大腦派出的調度員去調節甲狀腺工作，如果身體裡的甲狀腺素少了，就是甲狀腺功能減退的時候，TSH就升高，促進甲狀腺多生產一點甲狀腺素；相反，甲亢病人因為身體裡的甲狀腺素本來就過多，所以TSH會減低。上海第十人民醫院甲狀腺疾病診治中心殷志強
一些抗體指標比如TPO-Ab、TG-Ab和TR-Ab。甲狀腺慢性炎症的病人需要檢查TPO-Ab和TG-Ab，因為這兩個指標反應了患者的炎症狀態，有時候在治療一段時間後，這兩個指標可能會有所下降，但是一般不會降到正常。對於懷疑是甲狀腺機能亢進的患者還需要檢查TR-Ab，異常升高可提示原發性甲亢。
除了以上8個指標，有時候醫生還會針對不同的患者開出降鈣素（CT）、甲狀腺球蛋白（TG）、甲狀旁腺素（PTH）等指標，具體指標的意義應該結合病情具體分析。
