手足口病是由比較常見的腸道病毒中柯薩奇病毒引起的。腸道病毒中常見的是一種叫柯薩奇病毒A16型的腸道病毒，此外柯薩奇病毒 A的其他株或腸道病毒71型也可引起手足口病。因為這種病毒主要是通過飲食，飲水，食用水果等經口進入到人體內，並在腸道內繁殖。所以其感染部位主要是消化道，咽部還有口腔。
手足口病主要發生免疫能力低下的兒童裡，但成年人也有可能得病，因此可以說每個人都是易感的。感染後只獲得該型別病毒的免疫力，對其它型別病毒再感染無交叉免疫，即患手足口病後還可能因感染其它型別病毒而再次患手足口病。
手足口病主要表現在皮膚和口腔上，所以空腔損傷和一些皮膚丘疹是手足口病的主要特徵性病變。但病毒還會可能侵犯人體重要器官。所以在手足口病流行的時候一定要加強對患者的臨床監測。手足口病患者還很容易發生心肌炎、無菌性腦膜炎、身體偶爾發生非特異性紅丘疹等。
