1、起病不如淋病急，症狀拖延，時輕時重，但比淋病輕。約50%的病人有尿痛、尿道癢等症狀。初診時很易被漏診。男性非淋菌性尿道炎表現為尿道不適、發癢、燒灼感或刺疼，尿道紅腫，尿道分泌物多為漿液狀、稀薄、晨起有“餬口”現象。女性非淋菌性尿道炎表現為宮頸的炎症和糜爛、分泌物增多，宮頸分泌物中有多數分葉型白細胞(高倍鏡下每視野超過10個)，陰道及外陰瘙癢，下腹不適感。注意：有些病人可無症狀或症狀不典型，易被漏診。宮頸分泌物中有多數分葉型白細胞(高倍鏡下每視野超過10個)。
2、尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜膿性。較長時間不排尿(如晨起)尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有時僅表現為晨起痂膜封住尿道口或汙染內褲。檢查時，需由後向前按擠前尿道才可能有少許分泌物由尿道口溢出。有時病人有症狀無分泌物，也可無症狀而有分泌物。
3、極少數病人可伴發Reifer綜合徵：尿道炎、關節炎、角膜炎、結合膜炎及皮疹。
4、非淋菌性尿道炎潛伏期為平均為1-3周。
5、常與淋病同時感染。前者先出現淋病症狀，經抗淋病治療後，淋球菌被青黴素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周後發病。臨床上很易被誤認為淋病未治癒或復發。
6、處理不當或治療不及時可引起併發症(1%)。如急性附睪炎、前列腺炎、結腸炎、咽炎。女性宮頸炎、宮頸糜爛、前庭大腺炎、陰道炎、輸卵管炎、盆腔炎、異位妊娠、不育等。
7、新生兒通過感染的產道、生後3-13d可發生眼結膜炎，眼部有粘液膿性分泌物，也可無分泌物。但多不侵犯角膜。下生後2-3周可發生肺炎。症狀不斷加重，呼吸急促為其特點，但不發熱。其中半數患兒有眼結膜炎。
