一、局部損傷：是肛裂形成的直接原因。
二、肛管狹窄：由於先天畸形、外傷手術等造成的肛管狹窄，乾硬糞便通過時更容易使肛管皮膚撕裂損傷，細菌侵入感染形成潰瘍而致肛裂。
三、慢性炎症：專家表示，由於炎症的刺激，使肛管皮膚彈性減弱，脆性增加，容易破裂損傷。
四、內括約肌痙攣：這一因素當前被國內外大多數學者認為是肛裂不易癒合的重要原因。
五、解剖學因素：肛管的前後方形成一個相對薄弱的區域，而排便時此區域尤其後壁承受糞塊的壓力量大，故易受損，加之此處血供較差，彈性較弱，容易破裂，一旦損傷不易修復，可逐漸形成潰瘍而致肛裂。
