過去使用最多的是塗蠟紙杯子，它是用蠟浸泡過的，只可以裝冷飲，不能裝含油的東西，因為油能溶解蠟。蠟在40℃左右就會融化，而蠟含致癌物質多環芳烴。
現在使用最普遍的是紙塑杯，外面是一層紙，裡面是一層淋膜紙，是一種內聚乙烯塑料膜。外層雖然是紙，但接觸食品的卻是內層塑料膜，因此這種杯子是定義為紙杯還是塑料杯，存有爭議。在檢測方面，既檢測紙又檢測塑料質量。
沒有了蠟，人們可能會覺得紙塑杯安全了。其實它存在的危險因素最多。外層紙的衛生隱患就很突出。外層含水的話，就會形成黴菌，紙杯子疊加套在一起，外面有黴菌了必然會汙染裡邊。在用紙杯子時一定要看看是否變潮發黴。其次，就是外層印刷的油墨，刺激味大，一般是油墨的味道，味道大可能就是不達標。不少油墨成分中含有苯和甲苯，苯是公認的致癌物。美國和日本等國家都在使用非苯油墨，我國仍在使用含苯油墨。
有些紙杯可能是利用廢紙做的，為了讓紙杯子看起來更加白，在生產時，廠家會使用漂白劑。有些廠家還可能會使用熒光粉來增加白度。按照國家規定，食品用紙是不允許使用熒光粉的。因此說，紙杯子越白越不安全。
裡側的塑料膜，如果是食品級塑料，符合國家要求還可以，如果使用工業塑料，為了增加杯子韌性和剛度，紙杯會添加增塑劑。如果添加劑量過大或使用非法增塑劑，衛生狀況就難以保證。
董金獅建議，一次性紙杯最好少用和科學使用，同色紙杯，裝熱飲好，遇熱變硬。塑料杯遇冷變硬，裝冷飲較好。紙塑杯不能裝油性的東西，油能滲透塑料;由於熒光粉、油墨滲透性很強，會汙染食物，因此方便麵紙盒子儘量不要在微波爐中加熱使用。
高溫烘烤會毒傷肝腎
一般市面上常會看見有攤商販賣用紙杯裝盛烘烤的酥皮濃湯，但有專家卻表示，紙杯最多能承受的耐熱度只有100度，絕對經不起烤箱高溫烘烤，飲用這種紙杯烘烤的酥皮濃湯，會把塑毒喝下肚，造成肝腎負擔。
臺灣林口長庚醫院的毒物科主任林杰樑指出，紙杯經高溫哄烤後，“紙杯塑料膜本身會被破壞掉，破壞掉的同時，可能有些有機溶劑，還是製造塑料膜的材質，一些原料就會跑出來，長期來講對肝腎其實都不好的。”
一般市售紙杯大多都是由纖維材質紙漿所製成，再將內層塗上膠膜使用;因此耐熱溫度都在100度以內，如果杯身再薄一點的話，耐熱度甚至不到70度。
而一般烘烤酥皮濃湯的烤箱溫度最少都有220度以上，紙杯在耐不住高溫的情況下，所溶出的塑毒即會對人體造成傷害。
