1、發現卵巢囊腫後，應有足夠的時間來觀察，通常情況下需觀察至孕12周，由於懷孕之後也可以合併黃體囊腫，而黃體囊腫會隨著妊娠的繼續自行縮小甚至消失。
2、孕12周前不宜行卵巢囊腫手術，因孕12周之前胎盤還沒有形成，不能產生足夠的孕激素來維持胚胎髮育，只能靠妊娠黃體產生的孕激素來維持，手術會破壞妊娠黃體對於胚胎生存的促進作用，造成流產。孕12周以後可根據囊腫的大小、性質、孕婦及其家屬的意見來決定是否進行手術治療。對於直徑大於8釐米的囊腫，可採取手術治療，術後要注意休息和保胎治療。卵巢囊腫切除術大多采用腹腔鏡手術，對於孕媽媽來說，手術創傷小，而且恢復快，對胎兒的影響也小。
手術時間的選擇。手術時間通常選擇在孕16～20周，因為孕16周以後隨著胎盤的形成，胎盤自身的內分泌功能足以替代卵巢黃體的功能，從而避免對妊娠造成不良的影響。若在此時間段之後手術，手術困難度增加，隨著囊腫體積的增大，還有可能發生囊腫蒂扭轉、囊腫破裂等併發症，處理起來相當被動，對母兒的生命也造成很大的威脅。
3、孕期如若出現良性囊腫合併出血、蒂扭轉、破裂或懷疑為惡性，不論在妊娠的任何時期都應積極進行手術治療，以免延誤病情。
