HPV通常情況下是通過生殖器接觸的性傳播
在一次性生活中發生HPV傳播的機會並不清楚，但是文獻報道大約是65％或是更高。
同樣，多數研究發現宮頸HPV病變的婦女，其性伴侶中有64-70％在接受檢查時可以發現生殖器的HPV病變。而這種病變非常微小，當事人可能根本無法察覺。
通常情況下，在一次性生活中傳染了HPV，大約經過4周到8個月的時間可能發展成生殖器疣，但是也有些感染會潛伏下來，在幾年甚至數十年後發展成為疣或宮頸病變。所以要準確判定感染HPV的時間是不可能的。
當一方發生了HPV病變，那麼性生活的雙方可能會同時感染上一種類型的HPV。性生活中使用避孕套可以減少病毒的暴露，可以加速HPV的清除。當HPV病毒負荷下降了，自身的免疫系統就能更有效的清除病毒。
口交也是HPV傳播的途徑。不過有研究發現在頭頸部的鱗狀上皮中有四分之一存在者高危HPV，所以口交引起的HPV傳播儘管存在，但罕致嚴重的疾病。
除了性生活之外，一些間接的接觸，比方說使用坐便器，門把手，香皂，游泳池，浴盆，也都會導致HPV的傳播。所以說它的傳播是多途徑的，甚至深入到日常生活中。
HPV6和11會在陰道分娩是傳染給新生兒，導致上呼吸道或候部的疣，但是也很少發生，剖腹產可減少此風險。而如果生殖器疣治癒了6個月以上，那麼陰道分娩傳染HPV的可能性就更低了。
