聯合用藥不主張累積、重疊使用相同藥物，如同時使用多種清熱解毒類中成藥;不主張多種免疫調節劑同時使用，如同時使用轉移因子、免疫核糖核酸、左旋咪唑等。
無適應症用藥
目前認為乙肝病毒攜帶者處於免疫麻痺階段，此時不主張使用特殊藥物治療。但是現今臨床普遍存在對乙肝病毒攜帶者的安慰性治療，如各種中藥製劑、保肝藥物、免疫調節劑等。
無必要地使用昂貴藥品
乙肝藥物普遍價格昂貴，尤其是各種“新特”藥物，有的一療程下來要花數萬元，普通老百姓難以承受。但是，許多人仍然錯誤地認為藥物價錢和療效呈正比，盲目追求昂貴新藥。對輕度慢性乙肝患者主張給予適度的治療，切忌大量使用昂貴的新特藥物。
給藥時機和途徑不適當
目前乙肝抗病毒治療多主張病變處於炎症活動期，轉氨酶升高2～10倍，沒有出現黃疸，乙肝病毒複製指標陽性。但有不少的病例不符合抗病毒時機，卻硬性使用干擾素、拉米呋啶等抗病毒藥物，往往收效不佳。
重複給藥
有的患者輾轉各地，四處求醫，但是所得處方用藥，雖然藥名不同，實際藥物成分相似。如主要成分為中藥五味子的各種保肝降酶中成藥多達數十種，患者不知其中詳情，有時同時並用3種以上同類保肝降酶藥物。
選用藥物不當
為乙肝病人選用的藥物不對症，沒有考慮特殊病人的用藥禁忌，合併用藥配伍失當等。如慢性活動性乙肝患者肝功反覆波動，血清膽紅素顯著升高，此時如果選用干擾素、拉米呋啶等抗病毒藥物，就屬於用藥不當。又如一些特殊病人，如失代償肝硬化已出現腹水，合併有自身免疫損害，這些患者對干擾素等抗病毒藥物屬於禁忌症。乙肝患者配伍使用免疫增強劑，一般需對患者的細胞免疫和體液免疫情況進行檢測，如果患者細胞免疫功能低下，配伍使用免疫增強劑可有正面效果;如果患者免疫功能正常，使用免疫增強劑則沒有任何積極意義。
用藥不足
包括劑量太小和療程不足。如經臨床研究證實，使用。類干擾素治療乙肝的合適劑量為500～600萬單位，隔日一次肌肉注射;而以往大多使用300萬單位，難以保證療效。又如拉米呋啶治療乙肝，曾經建議療程為1年，但是大量臨床研究表明，使用一年雖然可以獲得較為理想的療效(肝功正常、乙肝病毒脫氧核糖核酸和乙肝病毒。抗原陰轉)，但是一旦停藥，轉氨酶馬上升高，乙肝病毒複製指標再次轉陽。目前認為拉米呋啶不能過早停藥，應堅持使用2～3年以上時間。
用藥過量或過分
雖然給病人使用了對症的藥物，但劑量過大或療程過長，給輕症病人用重藥，聯合用藥過多等。如單磷酸阿糖腺苷治療慢性乙肝的合適劑量和療程是：成人每天0.4克，30天為一療程。有些患者用量達到每天6.8克，療程超過3個月，結果出現神經肌肉疼痛及關節疼痛綜合徵。
