1、抗抑鬱藥
一般選用氯丙咪嗪、丙咪嗉和 5-羥色胺再攝取抑制荊( SSRS)，如氟西汀，色曲林、氟伏沙明(蘭釋)等，也有應用丁螺環酮治療兒童自閉症，可以減少刻板行為、自傷行為、攻擊行為和改善社合交往異常的症狀。
2、抗精神病藥
診斷明確後，根據患兒具體情況，選用藥物、按醫囑用藥及規律按時服藥，維持治療，通常可以減輕多動、衝動、哭鬧及攻擊行為，改善行為，穩定情緒等作用。
(1)典型的抗精神病藥，包括氯丙嗪、舒必利，氟哌啶醇等。
(2)非典型的抗精神病藥，包括利培酮(維思通)、氯氮平、奧氮平等。臨床近來常用小刑量利培酮治療自閉症，可減輕多動、衝動、攻擊行為、強迫重複行為症狀，某些患兒可增進社合交往，奧氮平也有類似效果。
3、情緒穩定劑
包括丙戊酸納、卡馬西平、碳酸鋰,心得安、氯硝西泮，用藥治療的目的是控制、穩定自閉症兒童的情緒激功、哭同不安、紫張恐俱和自傷行為 等症狀。
4、維生素和鎂鹽
曾有應用大刑量維生素 B6和鎂鹽治療兒童自閉症，這兩種藥物主要影晌神經遞質的代榭。結果意見不一，有認為可改善睡眠，減少多動和易激惹性，減少攻擊、自傷行為，增強注意力。也有認為對自閉症無明顯作用，而且劑量過大可能產生不良副反應，包括噁心、嘔吐、腹汙、激動、失眠、停藥徵候群等。
5、中樞興奮劑
中樞興奮劑，如哌甲酯(利他林)和匹莫林，主要應用於患兒表現有嚴重的過份多動及注意不集中者，謹慎選用，有癲癇(是一種以大腦神經元異常放電引發突然、短暫且反覆發作的腦部功能失常為特徵的綜合徵。)發作及腦電圖有癇樣放點者不宜服用。這類藥物的目的為改善活功過度、注意渙散等症狀。
6、多巴胺( DA)拮抗劑
2001年有學者報告應用Amantadine Hcl治療兒童自閉症，該藥是治療帕金森氏病和藥物引起錐休外系統障礙的藥品，應用於治療自閉症劑量0.25mg- 5 mg每公斤/每日，結果發現對多動、激動、行為障礙是一種安全有效的藥物、但尚待臨床進一步研究觀察。
7、拮抗嗎啡藥
有應用鈉屈酮( Nalterxone)，是一種嗎啡阻滯劑，治療自閉症每日劑量每公斤體重 O.5 mg—2mg，可減輕過分活功，衝動、刻板行力、自傷行為、增加眼對視及社交行為。
