1.兒童精神分裂症
兒童精神分裂症出現率男女相當，一般開始發病時期較遲，在幼兒時期發育常是正常的，發病後表現出感知覺異常(幻聽、幻視)和思維混亂(妄想與幻覺)，以思維聯想障礙、情感障礙為主要特徵，並與相應年齡行為的活動表現有明顯異常和不協調。一般無智力障礙，心理社會因素對於本病病程的延續及預後有重要影響。自閉症發病在36個月以內，男孩明顯多於女孩，很少出現幻聽、妄想症狀。部分病例伴智力低下，心理社會因素對自閉症的病程影響不大。
2.語言發育障礙
語言發育障礙兒童在感知反應上無異常，與人和物的相處方式正常。能努力地用手勢等表達抽象的內容，有興趣參與想象性的遊戲或活動。自閉症兒童表現出嚴重的溝通障礙，與外界不適應，不介入，更無法參與集體、想象性的遊戲和活動，對活動的規則完全忽視和不理解，對活動的結果不在乎，無興趣，遊離於群體之外。
3.弱智
弱智兒童的智商顯著低於同齡人的平均智商，其感知、社交能力，興趣及語言等方面發展與智商成正比例。而大多數自閉症兒童都表現出認知發展的失衡(如操作智商好於言語智商、記憶能力遠優於理解能力和想象能力等)，且順序異常。在人際關係上，弱智兒童更喜歡與他人打交道。相比自閉症兒童，他們與他人有更多的共同注意(joint attention)，在交往中表現出更多的正面情緒。從行為興趣來看，弱智兒童的興趣比自閉症兒童要廣泛得多，而且他們會花更多的時間在功能性遊戲和象徵性遊戲上。就語言能力而言，弱智兒童的語言接受能力往往比自閉症兒童要好。有人對二者的區別作了形象的描繪：“弱智兒童願意學，卻學不會;自閉症兒童能學，卻不願意學。”
4.注意缺陷多動綜合徵
自閉症兒童也常有注意力不集中、活動多、動作刻板古怪等表現症狀，有時被誤認為是多動症。但通過以下幾點比較，應不難鑑別。首先，自閉症的發病率遠遠低於多動症，且症狀顯現較早;其次，自閉症兒童從小與父母無親近表現，缺乏情感交往，喜歡獨處，不合群，對非生物的東西(玩具、書本等)有特殊依戀;語言呆板、不清甚至不會說話，動作刻板離奇，對大部分的刺激反應微弱或沒有反應，常常不會跟隨教導者的指示去注意該注意的事情，讓人覺得聽而不聞、視而不見，若能注意時，注意的時間也極短暫。與此形成鮮明對照的是，他們卻常常對某些自己有興趣的事物十分的專注，稱為過度選擇性的注意力。這些特徵和多動症有較大區別。第三，部分自閉症患兒伴智力明顯低下。
5.聽覺障礙
聽障兒童是由於聽覺系統損傷而產生語言溝通障礙的。雖然他們可能對外界聲音沒有反應，但有交往的慾望，能主動觀察、瞭解外界，能用身體語言等工具努力進行交往。自閉症兒童一般無聽力損失，發音器官功能正常，但大腦中樞系統障礙使之失去對外界聲音正常反應的能力，常表現為有時對外界聲音很敏感，有時又充耳不聞。同時不會運用手勢、眼神、表情等非語言交流工具與外界進行正常交流。
