随着认识的提高，目前认为畸胎瘤最适合做腹腔镜。如果能在手术中将肿瘤的内容物清理干净，并用较多生理盐水冲洗腹腔后，前述的情况就不会发生了。
由于畸胎瘤的容物为是毛发，骨片和油脂，如果手术中不注意，会搞得满腹腔都是，尤其是如果进入了肠道间隙，清理起来很困难。
但是，如果在手术中注意一些细节，如在剔除中发现瘤子破裂或者完整剔除后要取出的时候，迅速让病人处于头高脚低的位置(而腹腔镜手术中大多数时候是头低脚高)，手术床都有这样的功能。这样，肿瘤内容物即使溢出，也都在子宫和膀胱之间，或者在子宫和直肠之间，不会进入层层叠叠的小肠之间，很容易清理。
无论是开腹，还是腹腔镜，畸胎瘤都能被剔除干净。因为，与其他卵巢囊肿(如卵巢巧克力囊肿)相比，成熟囊性畸胎瘤的层次比较清楚，剥离起来较为容易。
