一般认为，唇裂的发生是由于中鼻翼下端的球状突与上颌突未能及时融合（在胎儿出生后第7周）。相反，先天性腭裂是由于两个腭突未能及时与鼻中隔融合（在胎儿出生后第10周）。导致融合失败的因素还不完全清楚，可能与遗传、营养、内分泌或感染、外伤等有关。治疗方法必须是修复手术。唇裂手术的主要目的是整形，而先天性腭裂的手术是为了恢复进食和说话的功能。通常在1-3岁进行，往往需要几次手术才能完成，术后应进行语言训练。
必须进行修复手术。唇腭裂手术的主要目的是美容，而先天性腭裂的主要目的是恢复饮食和语言功能。手术必须在适当的年龄进行，这对手术后的长期效果具有决定性意义。
I.唇裂的修复
早期手术，效果良好。大多数人认为，婴儿在2-3个月大时比较合适。如果护理情况满意，婴儿的生理性黄疽消失，体重恢复到出生时的水平，婴儿对手术的耐受能力增强，就可以进行修复手术。双侧唇裂手术应推迟到6个月大。还应考虑到孩子的健康、营养状况和气候条件。总之，尽量在1岁内完成唇裂手术是很重要的。唇裂修复的方法有很多，最常见的是三角瓣术和旋转推进术，这两种方法的操作原理相同，只是切口的设计不同。一般来说，在裂缝的两侧选择不同的基底，并根据这些基底进行切口，以去除裂缝的边缘组织。然后将上唇上翻，在缺损两侧的龈唇沟处做一个放松的切口，将鼻基底、鼻翼和整个上唇与上颁骨膜完全分离。这样一来，缝合处没有张力，可以让移位的鼻柱和唇人恢复到中间位置，也可以让裂隙一侧的畸形鼻翼（鼻孔）恢复正常形状。最后，根据基点将肌肉、皮肤和粘膜分层缝合。由于这种手术的缝合线是锯齿状的。它远远优于以前的线性缝合，因为它可以避免因疤痕挛缩而出现的唇红向上收缩（缺口）。
II.先天性腭裂的修复
手术年龄过早会阻碍上颅的正常发育，使腭部变窄和变短。导致上下牙齿的咬合出现障碍。反之，如果太晚，往往难以纠正病人的衔接。
为了既恢复正确的发音，又不妨碍上颌骨的正常发育，一般来说：
1.对于悬雍垂、软性先天性腭裂或轻度软硬性先天性腭裂，手术年龄为2-3岁。这些类型的先天性腭裂大多不妨碍上颅骨的正常发育。
2.对于严重的软、硬性先天性腭裂，特别是完全性（贯通性）先天性腭裂，应在患儿5-6个月后首先修复唇裂和侧鼻孔裂的基底，先天性腭裂的手术应推迟到4-5岁，此时上颌骨已发育到一定程度，手术不会引起严重的腭部变形，而且在患儿入学前（7岁以内）仍有足够时间矫正其发音。
