全身体格检查不像普通检查一样，它是有一定的顺序的。通常在医院医生都会按照一定顺序给被检查者检查身体。规范的逻辑顺序，可以加快医生检查的功效效率，也可以减少被检查者的不适合和体位的变动。
全身体格检查的顺序基本是按照从头部到脚部进行的，特殊情况除外。
在全身体格检查的顺序中，还分为卧位患者和坐位患者的顺序，它们检查的顺序有所区别。
卧位患者的全身体格检查顺序：
一般情况和生命征→头颈部→前、侧胸部(心、肺)→(患者取坐位)后背部(包括肺、脊柱、肾区、骶部)→(卧位)腹部→上肢、下肢→肛门直肠→外生殖器→神经系统(最后站立位)。
坐位患者的全身体格检查顺序：
一般情况和生命征→上肢→头颈部→后背部(包括肺、脊柱、肾区、骶部)→(患者取卧位)前胸部、侧胸部(心、肺)→腹部→下肢→肛门直肠→外生殖器→神经系统(最后站立位)。
分段、按步骤的检查顺序可以方便而且集中的让检查顺利完成，并且在检查的过程中，被检查中仅仅有两三次的体位变化，提升了效率。
