钙的平衡主要依靠甲状旁腺和降钙素的调节，如调节功能不成熟或异常，或胎儿贮钙不足或出生后磷摄入量过多都可引起低钙血症，具体病因如下：
1. 暂时性甲状旁腺功能抑制
早期低钙血症发生在出生后2天内，多由于暂时性甲状旁腺功能抑制所致。因在妊娠晚期母血中的钙经胎盘主动输入胎儿的量增加，抑制了甲状旁腺功能。低出生体重儿、窒息和患呼吸窘迫综合征的新生儿甲状旁腺功能比足月正常新生儿更差，钙的贮备量少。有的生后几天内血中降钙素较高，也和低血钙也有关。早期发病者的血钙常低于1.75mmol/L。
2. 牛乳喂养
晚期低钙血症发生在出生3天以后，高峰在第一周末，多见于牛乳喂养的新生儿，因磷摄入量过多，钙磷比例失调，使钙吸收障碍，使血钙降低。血钙值常低于2.00mmol/L。
3.少数先天性甲状旁腺功能不全引起的低钙血症
发病可早可晚，症状持续较久，达3周以上，但大部分患儿随年龄的增长甲状旁腺功能的发育仍可赶上正常婴儿，故属暂时性。
4.偶见孕母患甲状旁腺功能亢进或患腺瘤
母亲甲状旁腺功能亢进，母亲血钙增高，抑制了胎儿甲状旁腺功能，新生儿出生后出现持久性低钙血症。母亲常无症状，新生儿的低钙血症成为诊断母亲甲状旁腺功能亢进或肿瘤的线索。
