1、细菌性肺炎
发病率为5～15%。本病在流感发病后2～4天进一步加重，或在流感恢复期后反而加重，出现高热、剧烈咳嗽、脓痰、呼吸困难、肺部湿啰音和肺部实变征象。外周血白细胞总数和中性粒细胞明显增加，以肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌，特别是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌或流感嗜血杆菌为主。
2.其他病原体感染引起的肺炎
包括衣原体、支原体、嗜肺军团菌、真菌（曲霉菌）等。当流感患者的肺炎没有得到常规抗感染治疗时，应考虑真菌感染的可能性。
3.其他病毒性肺炎
常见的有鼻病毒、冠状病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒等，在慢性阻塞性肺疾病患者中发病率高，可加重病情，临床上与流感病毒引起的肺炎难以区分，相关病原学和血清学检查有助于鉴别诊断。
4.雷伊综合征（Reye's syndrome）
偶见于14岁以下儿童，尤其是使用水杨酸类解热镇痛药如阿司匹林者。主要表现为恶心、呕吐，退热后出现嗜睡、昏迷、抽搐和其他神经系统症状，肝脏肿大，无黄疸，脑脊液检查正常。发病机制尚不清楚。
5.心脏损害
心脏损害不常见，主要是心肌炎和心包炎。可见肌酸激酶升高和心电图异常，而肌钙蛋白异常少见，大多可以恢复。严重病例可发生心力衰竭。
6.神经系统损伤
包括脑脊髓炎、横纹肌炎、无菌性脑膜炎、局灶性神经系统疾病和急性感染性脱髓鞘多发性神经病（Grimballi综合征）。
7、肌炎和横纹肌溶解综合征
在流感中比较少见。主要症状为肌无力、肾衰竭和CK升高。
