1.肛门大肠并发症。长期便秘可使肠道内细菌发酵而产生的致癌物质刺激肠粘膜上皮细胞，造成异型增生，易诱发癌变。便秘引起肛周疾病，如直肠炎、肛裂、痔疮等。由于便秘，排便困难和粪便干燥可直接引起或加重肛门直肠疾病。较硬的粪块阻塞肠腔使肠腔变窄，压迫盆腔周围的结构，阻碍结肠的蠕动，由于直肠或结肠受压，造成血液循环障碍，还可形成粪便溃疡，严重时可引起肠穿孔。还可能发生结肠憩室、肠梗阻、胃肠道神经紊乱（如食欲不振、腹胀、嗳气、口苦、肛门排气多等）。
2.肠道以外的并发症。如中风，影响脑功能（记忆力下降，注意力分散，思维迟钝），性生活障碍等。在肝性脑病、乳腺疾病和阿尔茨海默病等疾病的发生中也起着重要作用。因便秘而强行增加腹压，憋气使之排便的心血管疾病发作的临床趋势逐年上升，如诱发心绞痛、心肌梗塞发作。
