一是使用农药对作物的直接污染。农田施药后,药剂可能粘附作物表皮,也可能渗透到作物组织内部并输送到全株,经过一定时间,这些农药将逐渐被降解消失。但如果药剂性能稳定,即可长期残留在植物体内。渗透强的不仅残留量大,污染程度也很大,可直达果实内层。用药次数多、用药量大或用药间隔时间短,产品残留量就会增大。
二是作物从污染环境中对农药的吸收。在农田施药过程中,直接降落在作物上的药量只占一小部分,大部分则散落在土壤中,或漂移到空气里,或被水流冲刷到塘、湖和河流中,造成了严重的环境污染,有些农药在土壤中残存几年甚至十几年,作物从根部吸收或叶片代谢吸收空气中残留的药剂或被污染的水源灌溉作物,都会引起农药残留量增大。
三是由于食物链的作用农药在生物体内聚集。畜禽鱼类体内农药残留主要是取食大量被农药污染的饲料,造成体内农药聚集。