绒毛穿刺可能会出现阴道出血、羊水溢出或子宫持续性收缩,约占2%的孕妇会发生这种情况。另外,绒毛穿刺术后和孕中期羊膜腔穿刺术后的流产率的随机对照研究,发现前者稍高,3%左右。但是,有一个随机对照实验对经腹CVS术和孕中期羊膜腔穿刺术后的流产率比较后发现,两者接近(6.3%与7%)。
绒毛穿刺术会导致较高几率的畸胎的发生,现已确认的发育不良(即畸胎)主要有胎儿先天性肾积水、先天性心脏病、先天性肠道畸形。这些不良症状往往于孕中期大排畸的时候才会被超声发现,再加上绒毛手术医院与常规产检医院往往不一致,因此很难跟踪及理清责任。