在一些使用者中，所有形式的胶原蛋白制剂都可能发生过敏反应，而大多数过敏反应的报告来自注射的胶原制剂。这些过敏性反应，包括恶心，流感样症状，发热，皮疹，荨麻疹，皮肤脱皮。可能出现红疙瘩并造成皮肤损伤，并往往会导致疤痕发生。注射部位周围出现肿块已有报告，导致皮肤质地不均匀，冷结节和眼睑下垂。不太常见，但是更加危险的过敏反应可以有：细菌性感染，视力模糊，呼吸急促，血压降低和胸部疼痛等。 使用注射胶原蛋白时，可能会在注射部位出现疼痛。酸痛，刺痛感和瘀伤。皮肤瘙痒，肿胀和发红也不少见。比较少见但有可能发生的副作用，是在注射及附近部位出现组织发硬及周围皮肤过敏。 其他少见但严重的副作用多见于注射或口服胶原蛋白的用户，可以发生尿路感染，尿潴留和膀胱感染。血尿，尿便失禁，罕见的脓肿和开放性溃疡等副作用也可能发生。因此，在决定是否使用各类胶原蛋白补充制剂时，每个人都应该了解这些可能发生的副作用。 在决定是否使用或使用哪类胶原蛋白补充制剂之前，最明智的做法是获得医生的建议和指导。尽管可能获得重新焕发活力的头发和肤色，减低食欲，以及增加指甲强度等好处具有很大吸引力，而了解和权衡使用胶原蛋白可能产生的负面结果也是重要的。使用胶原蛋白制剂的副作用发生率平均在1-2%左右，但大多数人出现的症状会在1-2个月内消失。此外值得提醒的是，在大部使用者中充填胶原蛋白的效果可能仅能持续一至六个月，在某些情况下效果最多可持续到两年，
因此，使用和填充胶原蛋白也不能永久性的解决美容的问题。
