工业生产的酵素，通过对菌种的选择和生产条件的控制，可以尽可能的降低这些对人体无益甚至有害物质的产生。由于自制“水果酵素”采用自然发酵，在发酵过程中菌落的构成受起始条件影响很大。在自然界中，水果表面的微生物组成是十分多样的。而除了发酵需要的酵母菌或乳酸菌外，还有其他包括致病菌在内的微生物在蠢蠢欲动。一旦在制作的过程中稍有不慎，使得发酵过程中杂菌“占山为王”，那么这样生产出的“水果酵素”非但不能起到保健作用，还对健康造成威胁。
在杂菌污染中最需要注意的是霉菌污染。一些霉菌，包括多种青霉、曲霉在内的霉菌，可以产生称作展青霉素的物质。展青霉素在动物实验中表现出神经毒性、胚胎毒性和一定致癌性，并且会对动物免疫系统具有抑制作用。虽然对于人体的危害尚无明确结论，但暂定的每日最大摄入量为0.4微克/千克体重，换句话说，一名70公斤的成人每天不应摄入多于28微克展青霉素。然而对于被霉菌污染的水果制品来说，其展青霉素含量可达每克1微克，按照“水果酵素”中水果、水3:10的比例计算，每天饮用100毫升就已经接近甚至超过暂定每日最大摄入量了。所以，要是看到自己做的“水果酵素”长起了毛，那还是赶快扔掉为好吧!
