免疫抑制剂是对人体的免疫反应有抑制作用的药物。由于许多风湿性疾病是由于体内免疫力过高而产生的，因此免疫抑制剂可以控制许多风湿性疾病的发展，从而起到治疗作用。目前常用的免疫抑制剂是烷基化药物，如环磷酰胺和抗代谢药物、甲氨蝶呤和硫唑嘌呤。
免疫抑制剂通常用于较严重或快速进展的风湿病，以及非甾体抗炎药或激素治疗无效的情况。然而，由于它们有较明显的毒副作用，往往不作为常规的一线药物使用。环磷酰胺的主要副作用是骨髓抑制，引起白细胞减少、红细胞减少、贫血，还有严重的胃肠道反应，如恶心和呕吐。
由于其代谢产物随尿液排出并刺激尿道，可导致出血性膀胱炎，并伴有尿急、尿频和血尿，严重时可导致癌症。它还可能导致生育能力下降。由环磷酰胺引起的暂时性脱发没有必要停止治疗。甲氨蝶呤和硫唑嘌呤也有上述副作用，必须在医生的指导下合理应用。
