临床是使用盐酸万古霉素的主要不良反应如下：
耳毒性：可出现耳鸣或耳部饱胀感、听力减退甚至缺失、听神经损害等。在大剂量、长时间、老年人或肾功能不全者应用时尤易发生。
肾毒性：主要损害肾小管。早期可有蛋白尿、管型尿，继之出现血尿、少尿等;严重者可致肾衰竭。在大剂量(血药浓度超过 60～100mg/L)、长时间、老年人或肾功能不全者应用时尤易发生。
变态反应：快速大剂量静脉给药时，少数患者可出现"红颈综合征"。表现为寒战或发热、晕厥、瘙痒、恶心、呕吐、心动过速、皮疹或面部潮红;颈根、上身、背、臂等处发红或麻刺感(组胺释放所致)，偶有低血压和休克样症状。其发生率高于去甲万古霉素和替考拉宁。
局部反应：肌注或静脉给药时可出现注射部位剧烈疼痛，严重者可致血栓性静脉炎。
胃肠道：口服给药可有恶心、呕吐、口腔异味感等症状。
