在本病的防治上，要积极消除引起食管下括约肌削弱的因素，再用药物控制症状，做到“标本兼治”。大部分患者经注意饮食调节、减轻体重、垫高床头及加用药物治疗，都有良好的效果，在药物上可按医嘱选用1～2种药物。
降低腹内压
据《食管疾病》杂志报道，腹内压降低70%以上能够显著减少腹水患者的胃食管反流。
巴西圣保罗大学医学院的T.Navarro-Rodriguez博士及其同事研究了腹内压降低对食管下段括约肌压力(LESP)和24小时pH值监测的影响。结果表明，当腹内压显著降低时，LESP不发生显著变化。腹水患者出现胃食管反流，而腹内压降低70%以上可使胃食管反流显著减少。
改变生活习惯
生活习惯的改变对许多GERD患者是有益的，但单纯依靠这些未必能够控制多数患者的症状。研究表明抬高床头，减少脂肪摄入，戒烟，餐后3小时避免卧床可以减少远端食管酸暴露。一些食物如巧克力，酒精，薄荷，咖啡以及大蒜被推测对患者有益。
抑制胃酸
制酸剂和非处方(OTC)的抑酸剂如海藻酸对于烧心和反酸的病人是个体治疗的选项，它们对于轻度的GERD是有效的。当症状持续，或者当报警症状、体征出现时，应该行进一步的检查和治疗。抑酸是GERD治疗的主要手段。PPI(奥美拉唑，兰索拉唑，雷贝拉唑，泮托拉唑和埃索美拉唑)可以使症状快速缓解并使食管炎达到最高的愈合率。PPI类药物在美国已经使用了超过10年的时间，在欧洲和澳大利亚的时间更长。另外有些病人可以通过相对较弱的抑酸药如H2RA得到效果。一旦患者使用较弱治疗失败，他们应该转向长期PPI治疗。对于Barrett食管患者，通常需要两倍于常规的剂量，即使患者在低剂量的情况下没有症状。
促进胃动力
促动力药可以在部分病人中使用，尤其是作为抑酸剂的辅助用药，但不能作为GERD患者的理想单一用药。甲氧氯普胺和氨甲酰甲胆碱的常见中枢神经系统副作用在一定程度上限制了这些药物的应用。西沙必利和多潘立酮被证明可以缓解症状，但前者可导致致死性心律失常。多潘立酮是一种多巴胺受体拮抗剂，因不容易通过血脑屏障，对中枢神经系统影响很小。另一种药物巴氯芬据报道可以同时减少酸反流的次数和食管酸暴露的时间百分比，因有很高的副作用发生率，难以作为常规用药。
维持治疗
由于GERD是一种慢性病，许多病人需要长期，甚至终身治疗。有效的维持治疗可以使患者的症状容易控制并且预防并发症发生。无论使用哪种药物多少剂量，能够控制症状的剂量即应该使用的剂量，包括足量甚至加量。
手术治疗
对于确诊为GERD的患者，可以考虑由经验丰富的手术医生进行抗反流手术。研究表明，10年以后92%使用药物治疗的患者仍然在服药，而一开始行手术治疗的病人仅有62%返回到药物治疗中。手术治疗在5年后略优于奥美拉唑20mg 每天，而当药物剂量增大到40～60mg每天时，两种治疗的效果相当。最好的手术预测因子是：年龄小于50岁，可以通过药物完全缓解的典型反流症状，典型的反流症状相对于不典型症状更容易通过手术得到控制。药物治疗难以控制的病人，特别是有夜间反酸的病人，可以从手术中得益。
内镜治疗
内镜治疗对于确诊GERD的部分患者可以控制症状。目前有三组内镜治疗方法：在LES区域进行射频技术，内镜下缝合技术以减少反流，LES区域注射技术。所有这些技术都表明可以改善症状，但对于确诊为GERD并对PPI治疗有效的患者，目前(21世纪初)不支持应用。
