(一)治疗用药建议：
早期的诊断及正确的治疗，是决定疟疾预后最重要关键，由於台湾根除疟疾已经四十年，近年来境外移入的病例每年约只有30例，临床医师若经验不足，常常不能在第一时间诊断出来;另外因为疟疾病况变化迅速，重症疟疾(severe/complicatedmalaria)开始常以非特异性症状来表现，如果不能及早发现给予适当的治疗，常会导致各器官严重并发症甚至死亡。
另外治疗上最棘手的问题是抗药性的问题，以恶性疟来说，传统的药物如chloroquine目前可以说在世界上大部分的流行区都已产生抗药性，甚至在泰国，缅甸，柬埔寨等国的边界还出现对chloroquine，mefloquine，quinine都有抗药性的多重抗药性疟疾(multiple-resistantmalaria)，是治疗上的一大挑战。
90年代以来，越来越被广泛使用的青蒿素类(artemisinin)的药物，被视为是可能解决此一难题的利器。它的安全性高，作用速度快，而且对於不同阶段的疟原虫都有作用[31]，目前WHO的建议是使用这类的药，再搭配另一个不同作用机制的药物(如artesunate+mefloquine;artemether+lumefantrine)，以避免抗药性的产生;根据WHO的统计，到2006年1月为止，青蒿素为主的合并疗法(artemisinin-basedcombinationtherapiesorACTs)已经有56个国家采用为治疗疟疾的第一线用药。
当前治疗疟疾的难题在於一方面必须注意疟原虫的
疟疾的病原体为疟原虫。可感染人类的疟原虫共有4种，即间日疟原虫(Plasmodium vivax)、卵形疟原虫(P.ovale)、三日疟原虫(P.malariae)和恶性疟原虫(P. falciparum)。
一、间日疟和卵圆疟
发作开始为突然寒战发抖，随即反复发热，出汗。为期一周形成间歇性发作的典型模式。头痛或短期不适后，随即寒战发抖，发热持续1～8小时。热退后，病人感到舒适，直到下次寒战前。间日疟新发作趋向于每48小时发一次。
二、恶性疟
发作开始为寒战，体温逐渐上升，然后突然下降。发作可持续20～36小时。病人感到比间日疟重和严重头痛。发作间期为36～72小时，此期常感难受和低热。
三、三日疟
常为突然发作。发作类似间日疟，但为每72小时发一次。
疟疾为单细胞病原体，疟原虫感染红细胞所致。
疟疾的传播为受染雌性按蚊叮咬，输入含疟原虫血，或用注射过疟疾病人的针注射所致。疟原虫有4种——间日疟原虫，卵圆疟原虫，恶性疟原虫和三日疟原虫——能感染人而致疟疾。
在美国和大多数发达国家，由于使用抗疟药和杀虫剂已使疟疾罕见，而在热带，疟疾仍常见。有时，从热带来的访问者或从那里回来的旅游者带来疟疾，可致小暴发。
疟原虫的生活史。当雌性蚊叮咬疟疾病人，摄取含疟原虫血，原虫移至蚊唾液腺，该蚊叮咬他人，原虫沿唾液注入。在人体内，原虫移至肝脏并繁殖，平均2～4周才成熟，然后离肝侵入红细胞，最后致受染的红细胞破裂。
温馨提示：间日疟原虫和卵圆疟原虫可存于肝细胞内，而周期性释放成熟的原虫入血流，致疟疾症状发作。恶性疟原虫和三日疟原虫不存留于肝内。若其感染不治或治疗不当，成熟的恶性疟原虫可在血中存数月，成熟的三日疟原虫可存留血中数年，而致疟疾症状反复发作。
抗药性，另一方面也必须注意抗疟疾药物的毒性。困难在於，目前疟原虫的抗药性系以临床治疗失败作为定义，无法在治疗之前先作药物感受性试验;而且，重症疟疾症状与奎宁，primaquine等抗疟疾药物的毒性狠相似，都会造成恶心，呕吐，溶血性贫血，低血糖，肺水肿及休克，难以从症状来分辨。
因应上述难题，临床医师应考虑疟原虫种别(恶性疟，间日疟，卵形疟，三日疟)，患者感染疟疾的地理区域(非洲，东南亚，新几内亚，或其他地区)，考量患者体质(年龄，心血管疾病，G6PD缺乏症)来选用适当的治疗的药物。
