本病一般起病缓慢，仅少数短期内重度感染的患者临床上表现为急性发病。轻度感染者常无症状或仅在食后有上腹部饱胀感、食欲缺乏或轻度腹痛。患者易疲劳。粪便中可检出虫卵。较重感染者通常起病较慢，有食欲缺乏、上腹饱胀、轻度腹泻、肝区隐痛。24%～96.3%的患者有肝大，以左叶为明显，有压痛和叩击痛。可伴有头晕、失眠、疲乏、精神不振、心悸、记忆力减退等神经衰弱症状。
个别患者因大量成虫堵塞胆总管而出现梗阻性黄疸，甚至发生胆绞痛。慢性重复感染的严重病例发展为肝硬化及门脉高压时，出现消瘦、贫血、腹壁静脉曲张、肝脾大、腹水、黄疸等。严重感染的儿童可出现营养不良和生长发育障碍，甚至可引起侏儒症。严重感染者常可呈现急性起病。潜伏期短，仅15～26天。患者突发寒战及高热达 39℃以上，呈弛张热。食欲缺乏、厌油腻食物、肝大伴压痛，有轻度黄疸，少数出现脾大。数周后急性症状消失而进入慢性期，表现为疲乏、消化不良、肝大伴压痛等。
华支睾吸虫病症状轻重不等，一般可将其分为三度：①轻度可无自觉症状，只在粪便检查时才发现虫卵者。或有轻度胃肠道症状，如食后胃部有压痛感，软便等。约占35%。②中度主要有较明显胃肠道症状，如食欲缺乏、消化不良、右上腹胀痛，肝大，轻度水肿。如并发细菌感染可继发胆管炎、胆囊炎。约占55%。③重度有明显胃肠症状，反复腹泻或便秘，右上腹疼痛或有脾大、腹水、贫血等。多见于儿童，约占10%。
同一患者可有上述临床类型中几种同时存在。此外，尚有极少数来自非流行区，初次大量感染的患者，于感染后1个月左右可突然发病，呈寒战、高热，中上腹或右上腹胀痛，肝大伴压痛，轻度黄疸，亦有脾肿大者。血中嗜酸性粒细胞显著增高。极个别患者出现类白血病反应。数周后急性症状消失而仍有消化不良、乏力、肝大等表现。
