1、人为说
人为说的观点不够统一。有人认为HIV是基因工程带来的灾难，还有人认为HIV是生物武器或某些人企图进行种族灭绝、建立“世界新秩序”的产物。
日本神奈川县立医院内科主任永井明就认为艾滋病病毒是人为的产物。1969年间，美国东部马萨诸塞州新英格兰地区的猴园出现SIV，接着西部的加州大学洛杉矶分校的灵长类研究所也集体发生了猴子感染SIV的怪状。因此他认为，这显然是进行某种病毒的动物实验造成的结果。他还指出，从时代背景来看，遗传工程正迅速发展，与生物武器的对象从细菌变为病毒的时间刚好一致。作为实验对象，非洲绿猴很可能被使用，因此绿猴的艾滋病很可能是美军生物战研究中心实验过程中出现了基因重组继而产生的新品种病毒。
2、自然说
长期以来，科学家们一直怀疑非洲黑猩猩与HIV有某种联系。最先主张非洲起源说是美国国家肿瘤研究所的罗伯特·盖洛博士，他于1982年提出“ 艾滋病病原体是逆转录病毒”的假说。艾滋病是由逆转录病毒引起的，这种病毒大量分布在中非和加勒比海各国，基于这个假说做出了向欧美传播途径的推测。
随后，美国阿拉巴马大学的一个研究小组1999年声称找到了证据。他们对一只偶然得到的黑猩猩玛里琳的器官组织进行了研究分析，结果他们在这只黑猩猩的组织中发现了SIV。SIV与HIV同属灵长类免疫缺陷病毒，科学家们认为SIV是HIV的祖先。
此后，法国巴斯德研究所的科研人员也宣布，发现了被SIV感染的黑猩猩。
3、医源说
1999年，美国新闻记者爱德华·胡珀出版了一本名为《河流》的书，向人们披露了一个艾滋病是40多年前通过接种小儿麻痹疫苗开始在人类中间传播的隐情。书中指出，20世纪50年代末期，位于美国费城的威斯塔研究所曾经使用黑猩猩的肾脏生产了几批小儿麻痹疫苗。在1957年到1961年之间，这些疫苗被用于预防接种。据估计，大约有100多万非洲人接受了接种。因此胡珀断言，艾滋病就是从此开始在人类中传播的。但胡珀的猜测遭到了很多科学家的驳斥。两位曾在威斯塔研究所从事过非洲疫苗试验的科学家否认他们在生产疫苗的过程中使用过黑猩猩的器官组织。威斯塔研究所更是于2000年找到了当年生产的疫苗样本，并邀请英国、法国、德国的同行对样本进行了分析，结果没有发现任何黑猩猩或是HIV的踪迹。
