豆制品在发酵过程中，会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢，它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。此外，胺类存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用，生成强致癌物亚硝胺。臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，必须经过油炸、加卤和发酵等几道程序。
在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，而且对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到其它细菌的污染，轻者会引起人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖，产生一种有毒物质——肉毒毒素。这是一种嗜神经毒素，毒力极强，近年来曾报道过的臭豆腐中毒事件，就是由这种毒素引起的。
正是由于臭豆腐的制作流程复杂，据媒体报道，有些人想出了一些“简单”的方法，用化学手段做出臭豆腐。如用硫酸亚铁将豆腐染成黑色，再加上其它的臭味物质，即可成为臭豆腐。而在我国的《食品卫生法》中，是严格禁止使用化工原料硫酸亚铁作为着色用的食品添加剂的。其实，臭豆腐也不是一无是处，它在制作过程中，能合成大量维生素B12。人体缺乏维生素B12，会加速大脑老化，容易引起老年性痴呆。不过，维生素B12在肉、蛋、奶、鱼、虾等很多动物性食物中都存在，与这些优点比起来，臭豆腐的缺点更应该引起人们的注意。
