臭豆腐“闻着臭”是因为豆腐在发酵淹制和后发酵的过程中,其中所含蛋白质在蛋白酶的作用下分解，所含的硫氨基酸也充分水解,产生一种叫硫化氢(H2S)的化合物,这种化合物具有刺鼻的臭味。 在蛋白质分解后,即产生氨基酸,而氨基酸又具有鲜美的滋味,故“吃着香”。
臭豆腐闻起来臭、吃起来香，有些人对它敬而远之，有些人则将吃它当成了一种嗜好。其实，臭豆腐属于发酵豆制品，制作过程中不仅会产生一定的腐败物质，还容易受到细菌污染，从健康角度考虑，还是少吃为好。
臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，必须经过油炸、加卤和发酵等几道程序。在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，而且对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到有害细菌的污染，轻者会引发人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖，产生一种有毒物质———肉毒毒素。这是一种嗜神经毒素，毒力极强，近年来曾报道过的臭豆腐中毒事件，就是由这种毒素引起的的。
