1.与胆绞痛相鉴别的疾病
(1)胆道蛔虫症：单纯的胆道蛔虫症多见于青少年，常表现为突然发作的剑突下绞痛或呈钻顶样痛，少数患者采取膝胸卧位时疼痛可有所减轻，疼痛常阵发性发作，缓解期与常人一样可毫无症状，多数患者伴有呕吐，甚至有呕吐出胆汁者，也有呕吐出蛔虫者，疼痛发作期症状虽很重，但腹部常缺乏体征，这是胆道蛔虫症的特点，如行B超检查，有时在胆管内可发现虫体影像，一般而言，根据疼痛特点及B超检查，本病的确诊率可达90%以上。
(2)急性胰腺炎：疼痛常在暴饮暴食后诱发，疼痛多呈持续性上腹部剧痛，有时呈刀割样痛，常向左腰部放射，呈束带状牵引痛，患者血，尿淀粉酶常明显升高;B型超声波检查可见胰腺呈弥漫性或局限性肿大;CT或MRI检查也可发现胰腺肿大等对诊断均有重要价值，如患者出现休克，腹腔穿刺抽出血性腹水，其中淀粉酶含量显著升高时，则可诊断为急性出血坏死性胰腺炎，必须指出，有时胆总管结石可诱发急性胰腺炎(称胆源性胰腺炎)，此时两者的症状可发生混淆，故应加以警惕。
(3)消化性溃疡穿孔：上腹部剧痛并迅速遍及全腹，体检发现腹肌板样强直，全腹有压痛与反跳痛，肝浊音界缩小或消失，X线透视或平片可发现膈下游离气体，结合既往有溃疡病史等诊断不难确定。
(4)心绞痛或急性心肌梗死：少数心绞痛或急性心肌梗死患者可表现为上腹剑突下剧痛，且疼痛可向左上腹和右上腹放射，严重时常有烦躁不安，出冷汗，有恐惧感或濒死感，心电图检查可发现深而宽的Q波，ST段抬高及T波倒置等改变，血清肌酸磷酸激酶(CPK)，谷草转氨酶(AST)，乳酸脱氢酶(LDH)及肌钙蛋白，肌红蛋白升高等对诊断极有帮助。
(5)其他疾病：胆石症还需与急性肠梗阻，急性肠扭转，肠穿孔，急性阑尾炎并发穿孔，肠系膜血管栓塞或血栓形成，女性宫外孕及卵巢囊肿蒂扭转等疼痛性疾病相鉴别。
2.与黄疸相鉴别的疾病
(1)急性病毒性肝炎：多有食欲减退，乏力及低热等前驱症状，黄疸出现快，逐渐加深，1～2周达到高峰，多伴有肝脏肿大和压痛，B超检查可排除梗阻性黄疸的声像图表现，仅见肝脏稍增大，肝实质回声增强，密集等一般征象，血清酶学检查常有ALT，AST显著升高，多数患者可检查出肝炎的病毒标志物。
(2)胰头癌：胰头癌以男性多见，发病年龄一般较大，黄疸常呈进行性加深，上腹部疼痛多与体位有关，平卧位时疼痛加重，而身体前倾时疼痛可减轻或缓解，十二指肠低张造影可发现十二指肠曲扩大，移位及胃肠受压等征象，B超，胰胆管造影(ERCP)及CT或MRI等检查均可发现胰头部的肿块影。
(3)乏特壶腹癌：黄疸常为首发症状，多呈进行性加深，胃肠钡餐低张造影，胃镜或十二指肠镜检查，B超，CT或MRI等检查均可发现壶腹部的肿块，对诊断极有帮助，内镜下结合活组织检查可作出病理诊断。
(4)其他疾病：胆石症还需与胆总管癌，原发性肝癌转移至肝门部淋巴结(肿大的淋巴结可压迫胆总管而致黄疸)等黄疸性疾病相鉴别。
