更年期是由卵巢衰退引起的下丘脑-垂体-卵巢相互控制失调造成的一个转折时期。先是卵巢的卵泡分泌量不足以抑制下丘脑功能和脑垂体产生促卵泡激素所需的量，下丘脑又不能分泌足够的促黄体生成素释放因子，因而垂体产生的促黄体生成素达不到波峰，不足以使卵泡由成熟到排卵。
过多的促卵泡激素使卵泡不断增大形成卵泡囊肿，不向成熟卵泡转变，中途夭折的闭锁卵泡增多，它们也分泌少量雌激素。这些雌激素积聚一起，持续作用于子宫内膜，使子宫内膜增生过长，但缺乏排卵后的黄体，也就没有黄体酮(或称助孕素)的形成，以致增生期的子宫内膜不能转变为分泌期的子宫内膜。子宫内膜既失去助孕的能力，又不能自然全部脱落，因而不能形成有自控过程的月经。
增生过长的子宫内膜受过量雌激素的影响，常呈不规则部分脱落，而表现为不规则出血。由于不是全部脱落，子宫内膜缺乏有规律的更新过程，故而月经有时淋漓数月;有时闭经一个时期，然后大出血;更多的情况是经过相当时间后，偶然一个卵泡由成熟达到排卵，于是子宫内膜可以自然全部脱落，形成一次正常月经，这时经量往往比较多。当然这种偶然排卵的机会越来越少，月经越来越稀，最后停止而绝经。这和青春期的功能失调性月经，随着卵巢的日趋成熟而自然调整成为规律月经的机制恰恰是相反的，因为更年期的月经是卵巢衰退过程的必然结果。
更年期的功能失调性子宫出血，与生育年龄妇女因精神因素、营养不良或其它疾病引起的功能失调性子宫出血也不完全相同，后者的出血可在这些因素消除后恢复为正常月经。
